Französische Besatzung unter Napoléon
Bereits 1794 wurde Bonn von französischen Truppen besetzt. Nachdem sie die Stadt friedlich eingenommen hatten, errichteten sie einen Freiheitsbaum auf dem Bonner Marktplatz, der mit mit einer Jakobinermütze geschmückt war. Im Jahr 1801 vollzog sich dann die Eingliederung in das napoleonische Frankreich.
Mit der Aufhebung der Klöster und Stifte im Rahmen der Säkularisation, der Einführung der Gewerbefreiheit oder des Code civil entstand eine neue Ordnung. Systematisch vollzog sich die Angleichung an die rechtlichen, administrativen und politischen Gegebenheiten Frankreichs. 1804 wurde der "Code Civil" (später auch "Code Napoléon" genannt) eingeführt, der den Bereich des Bürgerlichen Rechts regelte und bis zur Einführung des Bürgerlichen Gesetzbuches im Jahre 1900 im Rheinland fortwirkte.
Ab 1794 wurde auch das linksrheinische Gebiet des heutigen Rhein-Sieg-Kreises von Frankreich besetzt. Zuvor verteilte sich das Gebiet vornehmlich auf das Kurfürstentum Köln sowie auf die Herzogtümer Jülich und Berg. Die linksrheinischen Gebiete kamen 1798 zu Frankreich und wurden 1801 dem Rhein-Mosel- sowie dem Roerdepartement eingegliedert. Dort gehörten sie zu den Arrondissements Bonn und Köln. Die rechtsrheinischen Gebiete zählten seit 1806 zum Großherzogtum Berg und wurden 1808 den Arrondissements Mülheim und Siegen im Rhein- beziehungsweise Siegdepartement eingegliedert.
Bei einem ersten Besuch in Bonn im Herbst 1804 ernannte Napoleon I. den Grafen Anton Maria Karl Graf von Belderbusch zum „Maire" von Bonn. Dieses Amt bekleidete Belderbusch bis 1814, weitere zwei Jahre war er danach Bürgermeister von Bonn. Napoleon Bonaparte soll bei seinem Besuch auch den Kreuzberg hinauf geritten sein. Beim Versuch, die Heilige Stiege mit seinem Schimmel zu erklimmen, stürzte er und brach sich ein Bein, so dass der Altar am Ende der Treppe unerreicht blieb. Nach anderer Darstellung kehrte Napoleon nach seinem Erkundungsritt zum Kreuzberg in die Stadt zurück, wobei sein Schimmel auf dem Kopfsteinpflaster der steil zum Rhein abfallenden Vogtsgasse strauchelte und der Kaiser vornüber stürzte, was allerdings keinen Beinbruch zur Folge hatte.
Im Jahr 1811 inspizierte der französische Kaiser seine Rheinarmee in Bonn und übernachtete danach auf Schloss Auel. Am 6. November 1811 ritt er auf den Limpericher Finkenberg, der ihm einen weiten Blick über die gesamte Bonner Umgebung gab und ließ sich Pläne für eine Befestigung Bonns und seines rechtsrheinischen Umfelds präsentieren, die allerdings nicht umgesetzt wurden.
Zur Unterbringung der französischen Soldaten wurde in Bonn auch die Namen-Jesu-Kirche beschlagnahmt. Der Kirchbau wurde auch als Pferdestall und Magazin genutzt und 1800 regelrecht als Ruine zurückgelassen.
Nach dem Ende der Napoleonischen Kriege wurde das Rheinland, und damit auch Bonn, durch den Wiener Kongress dem Königreich Preußen zugesprochen. Mit der Unterzeichnung der Wiener Kongressakte am 9. Juni 1815 wurde die Zuordnung des Rheinlands zu Preußen völkerrechtlich besiegelt.