Truchsessischer Krieg
Aus dem späten Reformationsversuch des Kurfürsten und Erzbischofs Gebhard Truchseß von Waldburg entwickelte sich der „Truchsessische Krieg“ (auch: Kölnischer Krieg), der weite Teile des Rheinlands mit langwierigen Kämpfen überzog und in dessen Verlauf im Bereich des heutigen Bonn unter anderem die Godesburg und die Wasserburg in Poppelsdorf zerstört wurden.
Am 19. Dezember 1582 hatte der Erzbischof seinen Übertritt zum Protestantismus erklärt, am 2. Februar 1583 heiratete er Gräfin Agnes von Mansfeld im Haus „Zum Rosenthal“ in der Acherstraße; am folgenden Tag fand ein hastiges Hochzeitsmahl im Gasthaus „Zur Blomen“ (heute Gasthaus „Zum Höttche“) statt, bei dem die Gegner des konvertierten Kurfürsten das Lokal stürmten.
Der Übertritt des Kölner Erzbistums zum Protestantismus hätte eine Machtverschiebung im Kurfürstenkolleg zu Lasten der katholischen Habsburger bedeutet. Dies rief seinerzeit nicht nur Kaiser und Papst sondern auch die größte katholische Territorialmacht im Reich, das Herzogtum Bayern, auf den Plan.
Die Godesburg zerstörte im Jahr 1583 eine gezündete 1500-Pfund-Mine fast vollständig. Der Legende nach hatten die Eroberer durch eine Latrinen-Öffnung in der Burgmauer den Zugang zum Burginneren gefunden. Nach anderer Darstellung trieben bayerische Truppen einen Stollen in den Burgberg und sprengten die Burgmauern mitsamt dem halben Berg. Während der Turm (Bergfried) erhalten blieb, ist von der Burg, im Mittelalter bevorzugter Aufenthaltsort der Kölner Kurfürsten, jedenfalls nur noch deren Ruine vorhanden.
Die ungewöhnliche, weil zweiteilige Wasserburg in Poppelsdorf war lange kurkölnischer Verwaltungssitz und wurde im Truchsessischen Krieg (1583) ebenfalls arg lädiert. Nachdem auch die Wasserburg erobert worden war, übergaben die truchsessischen Söldner die Stadt Bonn am 19.1.1584.
Mit Herzog Ernst von Bayern, der sich gegen Gebhard Truchseß von Waldburg durchsetzte, begann in Bonn die etwa 180-jährige Epoche der kurkölnischen Herrscher aus dem Hause Wittelsbach.